中心为非法人实体组织，实行理事会领导下的中心主任负责制。根据“以需求为向导、以任务为牵引、以产业链为纽带”的协同思路，成立科技咨询委员会、中心学术委员会、理事会、协同创新中心办公室等机构。科技咨询委员会、人才培养指导委员会是协同创新体的指导咨询机构；理事会是协同创新体的最高决策机构；协同创新中心办公室负责协同创新中心的日常工作，代表理事会行使各项决策并负责各成员单位之间的协调工作。